Uyarı! 007 İlk Şafak hakkında spойлерler aşağıda bulunuyor. 007 İlk Şafak, sonunda bile tam olarak çözülmemiş bazı döngüler bırakarak, Bond'un geleceğini öne süren IO Interactive'ın zengin bir hikayesi sunuyor.
Oyunun hikayesi çok dolu ve sürekli yeni kötü kişiler ve planları ortaya çıkarıyor. Oyuncuları sona kadar tahmin etmeye zorlayan oyun, bazı fanların şaşırtıcı olacak şekilde her şeyi tam olarak çözmez. 007 İlk Şafak'ın hikayesi, James Bond'un MI6'in sahip olduğu bir Minority Report benzeri bir AI'nin gizli bir complotu çözmesine odaklanıyor.
Bu AI, Theia adında bilgisayar, MI6'e önemli bilgiler sağlayarak kötü niyetlileri durdurmak için kullanılmak üzere tasarlandı, ancak cihaz çok hatalı ve körüklenmiş oluyor. Tanınan bir kişi Nicolas Webb'in teşvik ettiği gibi, bu teknoloji kendi kişisel çıkarları için kullanıyor ve MI6'ya ve hükümete genel olarak güveni tehlikeye atıyor. Elbette Bond günün sonunda kötü niyetlileri durduruyor, ancak hikayenin bir geri kalanı: Mysterios olan Isola adında bir kadın.
Hikayede Isola ile sık sık karşılaşıyor, ama gerçek niyetleri ve kimliği hala belirsiz kalıyor. MI6'nın bile birçok kaynaklı olmasına rağmen onu kimliğini belirleyemiyorlar ve Bond başarısız oluyor.